影片讲述的故事是,1945年8月,由于美军将要袭击日本本土,I-77潜水艇受命出击,作为最终防卫线。舰长仓本(玉木宏饰)拒绝使用人间鱼雷“回天”(一种由人操纵的自杀性鱼雷),曾经只用普通的鱼雷就击沉过数只敌舰,令美军闻风丧胆。然而,他的好友有泽舰长(堂珍嘉邦饰)的潜水艇却被身经百战的勇士,斯图尔特舰长的驱逐舰“Percival”号给击沉了。仓本心中悲愤无比,奔赴最终决战。在他心中有一份乐谱,里面凝聚着有泽的妹妹志津子的祝福……。年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲,不惜触犯炼金术中最大的禁忌,进行了人体炼成。可是炼成失败了,哥哥爱德华失去了左腿与右臂,弟弟阿尔冯斯失去了肉体,只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪,找回失去的一切,兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
几年后,一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前,他被称作“钢之炼金术师”。。