故事叙说少尉军官于守业在解放前夕,被国民党特工科任命为潜伏在陆城的特务少将专员、特别行动组组长,代号037,他在陆城的公开身份是小学教师。在陆城刚解放那时,兵荒马乱的,他并没有接收到有关特殊任务的指示,仿佛被中统局给遗忘了,除了那份白纸黑字、大红印章的委任状外,没有任何与中统局有关系的证据。一天夜里。一个信封从门缝里塞进来,故事由此展开···。1930年代,江西苏区。江猛子告别新婚妻子向五儿,随主力红军长征。“铲共团”团长萧镇魁趁机杀回乡间大搞白色恐怖,猛子的父亲、乡苏维埃主席江春旺和妹妹同时遇害,已怀孕的五儿在逃亡途中生下儿子小鸿。新生儿的哭声引来寻奶妈的地主爪牙,她被逼到土豪封之固家当奶妈。四九年夏天,南下大军打入江西,五儿母子和部分群众被萧镇魁当作人质裹胁上了翠岗山。已成为解放军师长的江猛子率部剿匪来到山下,长大成人的小鸿找到部队要求参军,与江猛子父子相认,并请缨带部队上山......。十二世纪中叶,日本爆发平治之乱。平、源两大家族相互角力,最终源家落败,源义朝(加藤雅也 饰)也被乱军杀害。在此之后,义朝爱妻常盘(稻森泉 饰)及两个孩子赖朝(池松壮亮 饰)和牛若丸先后被强大的平清盛(渡哲也 饰)俘虏,并暂时保得性命。数年过去,牛若丸与敌人的孩子共同成长起来。为防止将来对自己不利,清盛将常盘嫁与他人,并责令牛若丸出家。
投身鞍马寺的少年经过数年磨练,终于成长为武功高强的青年豪杰(泷泽秀明 饰)。某日,他从新宫十郎义盛(大杉涟 饰)得知自己的真正身世,从此背负起为家族报仇的使命。自此,浩劫辈出、浩浩荡荡的源平合战拉开了序幕……。