故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。高雄是日治時期的軍事重地,也是二二八事件中遭受嚴重軍事鎮壓的地區。本片尋訪經歷過二戰的台籍日本兵、二二八事件雄中自衛隊成員,及二二八事件受難者遺族,他們走過被噤聲的年代,恐懼及創傷如影隨形,成為一生都無法卸下的歷史馱負,鏡頭緩緩隨著他們的日常身影流動,他們從日常中撿拾記憶,還原歷經歷史劫難的生命軌跡,從被迫參戰的無奈際遇,到失去親人又背負標籤、跌宕波折的成長處境,沒有悲憤控訴,只有娓娓傾吐,讓他們重新擁有屬於自己的個體傷痕記憶。 深植在他們身體裡的記憶,也留存在時間、空間的縫隙中,本片亦靜靜凝望散落高雄各地的軍事遺址,見證著工兵的血淚與青春;當倖存者逐漸凋零,就以訴說及凝視抵抗遺忘,記憶猶如在這塊土地上努力生長的野番茄,結出強韌的生命果實,展現堅毅不拔的姿態。。