该剧设定在《小丑回魂》的27年前,讲述小丑潘尼怀斯的起源故事。。故事发生在第一部的四年之后,此时特警K已经退休,成为一名普通的邮局局长,而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”,占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球,全面负责这件事情的K为了地球的安全,拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜,MIB派J去寻找k,调查当年事件的真相,怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在,成了J面临的第一个难题……。華沙大學助理教授馬立克長途跋涉,去探訪闊別五年的好朋友兼大學同學楊,目的是要請楊返回大學工作。37歲的楊放棄了大學教席,在一個孤立的氣象站工作,與任職小學教師的妻子安娜及他的祖父住在偏遠的農村小屋,家中甚至沒有一個電視機。當地人亦沒有什麼文化生活,與楊格格不入。
馬立克是個前途燦爛的物理學家,專長是研究人工水晶體,曾在哈佛大學和莫斯科留學兩年半。馬立克已離婚,採取玩世不恭的態度對待工作和愛情。他認為付出的必須要有回報,他無法理解為何楊可以在這貧瘠的地區滿足自己。
馬立克對安娜描述外地的風光,以幻燈片證明美國的美好生活和蘇聯共產主義的弊端,引起從小在窮鄉僻壤長大的安娜憧憬,兩人甚至幾乎發生戀情,但她最終還是把他送走。
影片藉馬立克與楊對人生、愛情和科學的不同態度,探討知識分子應如何在社會上發揮功能,並提出了深刻的哲學問題。。