《仁医2》完结篇延续前篇剧情,历史依旧向着既定方向有条不紊的前行,更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁(大泽隆夫 饰)以大夫的身份在江户时代生存了下来,所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲(绫濑遥 饰)的母亲患了当时普遍的脚气病,由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时,坂本龙马(内野圣阳 饰)出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山,竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍,原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后,坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩,促成萨长同盟。
亲历着幕末日本局势的陡然巨变,仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来,他将重新邂逅寻找新生活的野风(中谷美纪 饰),前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。。十年前,天远少掌柜江海生猛烈追求庆余大小姐程雪,为吞并庆余茶庄。老掌柜冯燕为保全祖业,临终前逼义子王荣华抛下怀有身孕的结发妻子入赘程家,认下程雪腹中海生的血脉,立毒誓终身捍卫庆余茶庄。上辈恩怨波澜未平,荣华的亲生儿子王志诚(阿诚)和程雪之子程大宝同时降生。阿诚从小便忍受饥贫和侮辱。为改变儿子命运,身患绝症的荣华与程雪做出交易,让阿诚进入庆余茶庄,开始了饱受磨难的学徒生涯。二十年后,少年一代长大成人。程大宝羸弱荒唐难担庆余重任,阿诚继承父志忠心辅佐程雪,却屡受排挤。阿诚与邵庆玲相互爱慕,但由于对庆余的责任及大宝的纠缠。阿诚被赶出庆余,茶庄因大宝面临灭顶之灾。程雪独力难支,请阿诚回来帮忙,阿诚重新出发,迎接未来的挑战。。