主人公の少年ユウキ・コスモら地球人が移民したソロ星で、第六文明人の遺跡が発掘された。遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き出した名を取り、発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる。 そのイデオンは、異星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として語り継がれていたものだった。イデ捜索隊隊長のギジェ・ザラルに無断で、カララ・アジバが調査のためにソロ星(ロゴ・ダウ)へ向かう。 コスモ、ジョーダン・ベス、イムホフ・カーシャがイデオンを操縦するが、二つの人類は双方とも相手を異星人と呼び、恐れ、自分の星を守るために異星人を殲滅しようとして戦火を拡大させた。 コスモ達はソロ星を捨て、イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。。在墨西哥的圣克拉拉镇,住着一个十六岁的孤儿萨尔玛。她从未见过亲生父母,人们一直告诉她父母抛弃了她。萨尔玛一生中的大部分时间都在寻找关于父母的身份和下落的线索,但幸运女神似乎从未降临,直到她发现了一本特别的书,里面充满了发生在圣克拉拉的故事以及当地居民的历史。带着这本书,萨尔玛和她的两个勇敢而温暖的养兄弟豪尔赫和佩德罗踏上了一段冒险之旅,寻找自己与家族历史之间的联系,希望最终能见到失散多年的父母。。