日籍华人安纪德在东京继承了其父著名实业家安鑫培的巨额遗产后,与女儿安宁先后返回中国。父女二人与安纪德的私生子安大川一起定居在一幢庭院式的别墅里。这天,安大川刚刚走出“安宁时装公司”的电梯,便遭到两个蒙面人的袭击,安大川奋力拼搏,蒙面人伺机逃遁。负了伤的安大川回到别墅,却又在安纪德的私人保镖诸葛再明的卧室里再次撞见一个蒙面人。少顷,蒙面人笑着摘下了面罩,原来是诸葛的女友杜小丘,她告诉大川自己在和他开玩笑。是夜,安大川在雷鸣电闪中被杀,尸体上赫然放着一束泰国兰花。
已退休的刑警队长杞人奉命调查此案。两年前,正是他帮助安纪德找到了失散多年的儿子大川。在凶杀现场,杞人向一脸歉疚的保镖张屈提出一些似乎离题的问题。忽然,杞人发现了一个攀高用的铁钩,诸葛再明神色微变,因为使用铁钩是他的熟套。公安人员又在冰箱中发现了一封威胁安宁小姐的恐吓信。安纪德心绪不宁,要求杞人尽快破案。
第二天一早,安宁失踪了。正当众人追查其下落时,安纪德又遭人绑架,现场再次出现一束泰国兰花。面对安纪德卧室内燃灭的两只长短不一的蜡烛,杞人陷入了沉思,对掌握的材料进行了周密的分析后,果断下令将作为嫌疑犯被看管起来的诸葛再明等人释放,并对案件做出了自己的判断。。此版《源氏物语 千年之谜》由鹤桥康夫执导,不仅使用CG,还加入动作场面和科幻效果,制作费用高达十亿多日元(折合人民币7千8百多万),于2011年12月10日在日本全国公映。
影片把原著作者紫式部(中谷美纪 饰)身处的平安时期与光源氏(生田斗真 饰)所在天下相交错,两条线 索并行。一个空间中紫式部受藤原道长(东山纪之 饰)任命开始创作《源氏物语》,并与藤原道长发生了爱情牵绊。另一个空间是紫式部创作出的光源氏与藤壶女御(真木阳子 饰)、六条御息所(田中丽奈 饰)、夕颜(芦名星 饰)等众多女性的爱情纠葛。在关闭的创作进程中,紫式部现出了灵魂出窍的状态,与笔下对光源氏陷入苦恋而化为生灵的六条御息所的灵魂重叠。阴阳师安倍晴明(洼冢洋介 饰)发现了这个情况,开始追踪生灵……。