1928年6月4日凌晨,日本关东军为了侵占我东三省,指使敢死小分队化装成“东北军”,在奉天三洞桥炸毁了大军阀张作霖的专列,爆发了震惊中外的“皇姑屯事件”。但令日本人万万没有想到的是:这个绝密的行动恰巧被一个中国姑娘连海华看了个一清二楚。连海华不但看见而且还拿到了直接罪证:这次行动的特别命令。为了不让这个目击者泄露出事件真相的秘密,日本关东军最高司令部下了死令:务必尽快将其抓住灭口!这个任务落在被号称为关东军“间谍之花”的樱川丽子的头上。樱川丽子不敢怠慢,立即展开了对连海华的一系列追杀。。延续前一集的剧情,狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们,为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约,对一架破旧的失事飞机进行维修改造,并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时,飞机却意外降落,迫降到了非洲大草原上。在这儿,狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样,而且言行举止各异,使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们,在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类,但因为习性不同,使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境,与同类们建立良好的关系,大家都是施展各种招式,笑料百出。。