公元十六世纪末,日本悍然攻打朝鲜,很快,在明朝军队的介入下日本撤军。按和谈之约,锦衣卫护送明朝使团前往日本伏见城宣读国书,不料国书被人盗走,使团众人被杀,随团同行的公主又被日本人囚禁,锦衣卫陈九、丁一在侠盗石川小夜子的帮助下侥幸逃脱,两人对是去还是留产生分歧不欢而散,陈九独闯太阁府告诉了松本秀次国书被偷真相,但却被丁一私自偷国书的行为破坏,松本秀次严刑拷打陈九,丁一得意之际摔下山崖被石川小夜子的师傅所救,丁一康复后和小夜子下山寻找陈九,不料松本秀次的对头伊藤家康逼上门来,三人合力战胜伊藤,几日后,陈九丁一抛弃前嫌决定深入虎穴,一番混战后最终救出了公主,惜别石川小夜子,途经富士山踏上回国之路。不知何年,妖界大乱。新妖王对前代势力痛下杀手,更誓要对前妖后腹中的孩子斩尽杀绝。妖后一行躲避追杀来到地处大山深处的永宁村,偏巧遇到捉妖天师霍小岚和罗刚。一番混乱过后,妖后自知气数将尽,遂将妖蛋放入永宁村保长宋天荫的腹中保存。是夜,小岚所属的天师堂掌门人葛千户率领手下血洗永宁村,天荫不得已随小岚逃亡。时机成熟,萝卜妖怪胡巴降生人间。在接下来的旅途中,小岚和天荫对彼此的了解不断加深,而胡巴也终于成为他们中间最不可割舍的重要存在。
战争仍在继续,人和妖的界限日渐模糊……。