吴老板是一名借运送动物为名将大批重度污染废水运送到公海处理赚取佣金的倒爷,长期的非法倾倒导致生活在附近的海洋生物产生变异且极具攻击性。林浩东为了弥补患有假性自闭症的女儿,带她登上了豪华邮轮“平安号”。出海的过程中,邮轮遭受海底巨蛇突袭,在这场灾难面前,林浩东与众人开启了一场惊险刺激的求生之战。。1971年时,邪恶的修卡组织命令科学家百濑龙之介做实验,将人类改造成怪物。龙之介不愿再助纣为虐,于是修卡组织利用龙之介释放出恶魔迪亚波罗后,将其流放至宇宙,龙之介意外通过黑洞穿梭至2071年的未来世界,发现那时世界已经由恶魔迪亚波罗掌控,为了拯救世界,他使用回旋加速驱动器来到了2021年,打算与自己的儿子秀夫合作,对抗迪亚波罗。但秀夫不愿原谅抛妻弃子的父亲,局面陷入了僵持。五十岚一辉、神山飞羽真、狩崎还有各位假面骑士,纷纷挺身而出对抗邪恶势力。秀夫最终也被亲情感化,原谅了父亲龙之介,父子俩成功变身为假面骑士世纪。各位骑士穿梭于未来与现在,为了守护世界而战,迪亚波罗最终被消灭,龙之介与秀夫间也不再有隔阂。。