上世纪70年代初,与家人音讯全无隔绝多年的劳改犯陆焉识在一次农场转迁途中逃跑回家。这对怀抱芭蕾舞梦想的女儿丹丹带来了巨大压力,她阻止母亲冯婉瑜与父亲的相见。因此夫妻二人近在咫尺却又相隔天涯。文革结束后,陆焉识终于平反回家,但是他却发现女儿早已放弃了芭蕾的梦想成了一名工厂女工,而深爱的妻子因为患病已经不认识自己。深厚的感情、生活的变故,迫使陆焉识做出了对他来说最荒唐却又最合理的人生选择……。在未知生命体全部被消灭后的两年,人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹,打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件,这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量,就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。
失去记忆的开朗少年津上翔一,暂住在美杉教授家中,与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的,其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时,他便会受到感应前去消灭它们。
愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年,它们之间有着什么样的联系呢?一切的真相又是什么?。