1850德州牧场扎克立家族來了一位流浪汉称扎克立家女儿是印第安凯欧族孤儿,引起凯欧族来此要人,整個问题是因为上一代白人与印第安相互寻仇,白人抱走印第安婴儿回家抚养,而该流浪客的儿子亦被印第安人掳走,向扎克立家族要求以女婴交换其儿子被拒而遭杀害,使其四处追踪迫害,最后水落石出,引起白人和印第安人的交战。四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中,在师父的训练下,他们成为了功夫高超的“忍者神龟”,渴望被人类接纳的四小只,在人类朋友艾普的帮助下,开始追踪一个神秘的犯罪集团,但随着一支强大变种生物军队的降临,同样属于变种生物的忍者神龟们知道,这下大麻烦来了……。在美国著名的赌城拉斯维加斯彷如白昼的霓虹登中,魔灵精怪。鬼精灵又从他的石坟堆中爬出来,当一位神秘客把一尊戴著符咒的鬼精灵石像留在当铺中时……。