曾几何时,云端的巨人依靠通天豆荚来至大地,他们横行肆虐,吞噬人类,祸害无边。多亏勇敢机敏的埃里克国王将巨人赶回老家,巨人的传说从此越传越神,流传甚广。自幼深深为巨人故事所吸引的穷人家青年杰克进城买马,偶然遭遇一名被皇家卫队追捕的僧侣,他更在慌乱中用马换了对方手中的豆荚。夜幕降临,暴雨突至,不愿将毕生幸福付与他人的公主伊莎贝尔趁乱出走,辗转来到杰克家中避雨。正当他们聊天之际,被雨水浸透的豆荚突然发芽,豆茎疯长,直达天际,将困在屋中的公主带入云端。
为了找回公主,杰克自愿加入国王组建的营救队伍,等待他们的却是耳熟能详的传说里的巨人……。爱丽丝重回在东京,向安布雷拉公司复仇。后者潜藏在地球的底部,威斯克执行着自以为是的安全技术标准。爱丽丝闯入了禁区,直捣黄龙。而威斯克竟然不惜毁灭城市做困兽斗。最终,当他驾驶着直升机逃离时,却被爱丽丝胁迫,情急之下,他向爱丽丝身上注入了具有对T细胞的免疫病毒,令她丧失了超能力,只能驾机飞翔荒无人烟的阿拉斯加。地球上已经177天没有生命迹象。然而,爱丽丝却意外发现了克莱尔。她们循着阿卡迪亚信号,回到了地狱之城,满眼的僵尸令人触目惊心。迎接她们的是同样听到信号的幸存者。在神秘犯人克里斯的帮助下,她们向阿卡迪亚之船进发……。