偏僻的半山村住着九岁的丁保健和他多病的母亲。一天,保健的母亲死了,村长决定让保健吃百家饭。不久村长被告知保健外出打工的父亲死于艾滋病,并要求他保密。一次记者的采访捅出了保健的病情,村民拒绝保健和他们的孩子一起上学。上级领导要来检查工作,为了应付检查,村长找到村里的闲人老赵先给保健代几天课。谁知领导不来了,可这仅有一老一少的两个人的教室却没有停课……。距圣诞节仅有8天时间,SOS团在凉宫春日的号召下,不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨,阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。
此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……。