时为明朝末年,奸佞当道,世间离乱。强梁啸聚的锦衣卫雄霸一时,无奈江湖上少林中人扶危济贫,匡扶正义,令锦衣卫头目王澄恨之入骨。为此,他想出一条毒计,命得力手下祁天远化名金光寺僧人了空,伺机潜入少林,图谋成为主持以号令天下。少林弟子惠能得悉王澄阴谋,连夜赶回少林,途中在草原帮助少女林樱一家勇拦惊马。与此同时,王澄率锦衣卫进入少林,逼迫住持圆慧让位祁天远。祁天远与圆慧比武,暗下毒手。关键时刻惠能及时赶到,并从住持手中得到象征少林正法的木棉袈裟。为有朝一日复兴少林,惠能保护袈裟遁走,而祁等紧追不舍。
正邪对抗的千古传奇由此流传……。高中私立翠明学园二年级学生的西条拓巳,自称对三次元没有兴趣,和家里的大量美少女人偶一起生活。在他所住的涩谷在2008年9月7日以来发生了连续猎奇杀人事件“新世代的疯狂(ニュージェネレーションの狂気)”,成为了网络和电视上的热门话题。2008年9月28日深夜,拓巳在聊天室遇到了一个自称“将军”的人。“将军”发言中的URL链接到像是预言下一个猎奇事件的恐怖图像。第二天,拓巳遇到了和图像中的手法一样的杀人现场。在尸体前站着浑身是血的少女,咲畑梨深。。