故事发生在民国初年,老沈阳北市场有片杂八地,就跟老北京的天桥一样儿,走江湖的、做生意的,开洋行的,还有冒险家投机家等等,你方唱罢我登场,煞是热闹。 一天,一个非常不起眼的小人物来到北市场,居然引起一阵轩然大波。 原来,此人名叫赵春安,本是个走江湖的小人物,只因十二年前与他相依为命的妹妹柳儿与他失散,多年以来,一直心有愧疚,坚持寻找妹妹,几乎走遍了东北,偶尔捡到一页广告画,因那做广告美女的下巴上有颗美人痣,他认定此女就是妹妹,于是一路寻找而来,终于打听到此女原来是戏班子的小芙蓉,已经嫁给北市场的头号人物哈贝勒。赵春安急忙奔往贝勒府。 孰不知,此时此刻,哈贝勒却正急得如热锅上的蚂蚁——他的心腹小厮小敦子从京城快马赶回来,给他带回来一个机密消息:隆裕皇太后为了想获得哈贝勒祖传下来的一张藏宝图,派了一位特使大人,假扮瞎子,秘密潜入了奉天城。哈贝勒一直遵循祖训...。将施奈德回老家之后,四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人,于是不再像以往一样一起战斗,而是各自在喜欢的领域内钻研,以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”!
这时,纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市,秘密培养了一支远古怪兽组成的军队,加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan,各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动!
神龟们又处于备战状态了!他们再次联合起来,准备向黑暗势力出击!。