在上一集中,爱丽丝救出了被冷冻的同伴们,众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后的程序发生了错误,变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻,失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克通过病毒侵入了保护伞公司的系统,他放走了爱丽丝并告诉她,她是人类最后的希望,而为了拯救人类,他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达·王,两人一路上奋勇杀敌结下了深厚的友谊。同时,爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队,从外向内进行突围。
保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市,并使用克隆人作为T病毒的实验对象,为了抵达出口,爱丽丝一行人必须穿越东京、纽约、华盛顿和莫斯科四座城市,而每座城市中都有丧尸们在蠢蠢欲动。。1999年的东京,一部军用的机械人在无人的情况自动启动、一个名为帆场瑛一的篠原重工天才程序员自杀;谁也没想到,两起无关事件却会在将来把东京带入恐怖中。从建筑施工现场到人们的日常生活,处处都可以见到一种被称为“Labor”的大型机器人。面对Labor相关犯罪与日俱增的局面,警察局成立了特殊车辆二课,配备专门机器人PatLabor,负责处理特殊事务。Labor到了更新换代的时期,作为机器人大脑的电脑操作系统升级为HOS。正在这时,突然发生多起机器人失控事件,机动警察小队负责调查此事。他们发现这是由与HOS有关的电脑病毒所导致的,而肇事者已经销毁了所有资料行踪不明。在东京湾,制造巨型海上方舟以解决东京土地问题的巴比伦计划已经到了关键时刻,那里集结了全国45%的Labor机器人,这些机器人一旦失控后果将不堪设想…… 本片为TV动画《机动警察》的剧场版。。