被黑暗组织的人灌下毒药,身体变小了的高中生侦探工藤新一,化名为江户川柯南隐藏身份,并一直在暗地里调查黑暗组织的情报。知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀,灰原哀想从组织脱离,也喝下毒药,以小学生的形象隐藏身份。
铃木集团的新饭店落成,受铃木集团大小姐铃木园子的邀请,柯南、小兰、阿笠博士,小哀等人都出席了宴会。宴会当中,吃了蛋糕的柯南和小哀发觉身体起了异常的变化。原来在蛋糕里,含有那种能让他们身体暂时恢复原样的酒精成分。柯南和小哀也因此变回了原本的样子……。这是一个很久以前的故事。有一个地方住着一对老夫妇。老爷爷上山去捡些木柴,老奶奶去河边洗衣服——(过程省略) 虽然桃太郎消灭了鬼,但是他得知外国似乎也有鬼的存在……于是他渡海而来。 值得称赞的是消灭了鬼,值得高兴的是大家得到了拯救。而唯一一件令他不满意的事情是——还未能享受到杀戮的快乐。 这个故事所阐述的是另一种可能…… 如果顺着河流而下的大桃子并不只有一个的话……如果流入日本河流的桃子只不过是成千上万的其中之一个的话……。