故事发生在明朝末年,侯朝宗(冯喆 饰)是文人组织“复社”的领袖,该组织主要抨击的对象是奸臣阮大铖(韩涛 饰)。侯朝宗的刚正不阿和满腹文采吸引了青楼名妓李香君(王丹凤 饰)的注意,情投意合的两人很快就走到了一起,决定结为夫妻。
为了拉拢侯朝宗,阮大铖匿名赠送了李香君一笔巨额的嫁妆,结果被李香君识破,物归原主。崇祯皇帝死后,宏光继位,受阮大铖花言巧语的蒙蔽,将其重用视为左膀右臂。手握权势的阮大铖趁此机会陷害侯朝宗,并且打击复社组织,追捕激进人士。一晃眼八年过去,侯朝宗早已经不是当年意气风发的青年,看到爱人面目全非风骨不在,心碎的李香君选择了出家为尼。。吉姆·格林和辛蒂是一对婚后多年的夫妻,他们琴瑟合璧,生活无忧,美中不足的是一直没有小天使降临夫妻之间,虽然尝试各种办法,可最终一无所获,这也成为夫妻俩心中的隐痛。这一晚,格林夫妻将心中的渴望写在纸上,埋在院子里。是夜,狂风暴雨不期而至。而伴随着大雨来到格林夫妻家中的,竟是一个满身泥泞、乖巧伶俐的十几岁小男孩。男孩自称蒂莫西,与格林夫妇为孩子预先取的名字一样。
许是上苍听到了夫妻的愿望,为他们派来这样一个可爱贴心的小天使……。两个人之间的爱情是否也会被人厌恶?同性恋者与基督教之间的分歧是否注定成为无法跨越的鸿沟?圣经又是怎样被用来为这种厌恶辩护的?这些问题就是丹尼尔·G·卡斯雷克拍摄的这部《圣经上这么说》所关注的中心。。