1944年末,日伪秋季扫荡和叛徒出卖使得白城陷入艰难。江满根和地下党员彭秀女临危受命进入白城。满根毫无地下斗争经验,鲁莽冲动,行动不断脱离组织计划, 引起日本人和伪警察局长楚强的怀疑,并害死了秀女。为了完成任务,他只得求助仇人、父亲当年好友——伪县长廖一清。 原来白城失陷时,时任城防司令的江父决定牺牲自己,让廖假投降以保百姓安全。 在廖帮助下,满根与当地各种势力建立了联系,并利用土匪等势力另辟蹊径完成了各项任务,建立了白城交通站。日军投降后,满根开始策反廖一清,楚强和廖的女儿春晓的军统身份也随之浮出水面。廖一清要和平解放白城,楚强武力相逼,满根和春晓赶来营救,春晓为满根挡了子弹, 楚强最终被满根击毙。满根回到部队,踏上解放全国的征程。。2002年冬天,横浜大桥突然被战斗机炸毁,媒体虽然报导此为自卫队战机所为,但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤(大林隆介 配音)队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年,日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云(榊原良子 配音)原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰,处于戒严状态的东京面临着大骚乱,人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下,后藤(大林隆介 配音)和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉(富永美伊奈 配音)、篠原(古川登志夫 配音)等特车二课原来的成员们,启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……
本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。。