天才物理学家汤川学此次又受内海薰所托,调查一件不可思议的命案。受害人富樫慎二被发现死在河边,面目指纹尽毁。最大的嫌疑人是他的前妻花冈靖子,然而靖子却有着完美的不在场证明。一个人能够同一时间出现在不同地方吗?当汤川发现住在靖子隔壁的是当年的大学同学、同为天才的数学家石神哲哉时引起兴趣。
毕业后因要照顾父母没有留校反而去高中教数学、一直生活得很落魄的石神每晚利用公用电话教靖子如何应对警察追查,靖子渐渐感到被束缚,但是由于给出的口供毫无可疑之处,警察决定放弃对靖子的调查,这时汤川却指出石神是关键人物。
案件的真相如何?世界上真有一个人同时出现在两个地方的事情吗?。和久隆(阪口大助 配音)、小高胜(保志总一朗 配音)、矢村大一(杉田智和 配音)、半井摩子(井口裕香 配音)等十五名少年少女,正满心希冀的准备迎接即将到来的暑假。就在此时,一位名为可可贝利的神秘男子突然出现,邀请孩子们参加一个电脑游戏。在游戏中,他们将会驾驶着巨大的机器人,和邪恶的外星物种进行战斗。
在半推半就之中,孩子们和可可贝利定下了契约,而契约一旦签订,无论发生了什么,孩子们都不可能放弃这个游戏。然而,让他们没有想到的是,巨大的机器人行动所使用的能源,竟然就是他们的生命,也就是说,无论是失败还是胜利,每一个驾驶员们所要面对的结局只有一个,那就是死亡。。