继续延续上一季的剧情,原来穆德受了骗,及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层,以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩,一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除,但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔,客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映,加入了一些角色及内容,“辛迪加”组织的阴谋越来越明显,穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。。麻田首相袭击事件和西岛勇司(飯田基祐 饰)的自杀事件,彻底宣告了SP的负责人尾形总一郎(堤真一 饰)等期望通过软着陆的方法改变政治格局设想的失败。在此之后,日本的政体进入了风暴前的暗潮涌动的关键时刻,而井上薰(岡田准一 饰)对尾形的不信任感也日益加深。与此同时,一石会负责人伊达国雄(香川照之 饰)高调参政,他暗中示意包括尾形在内的一群年轻政客筹划发动恐怖袭击,以此为契机掀起一轮改朝换代的革命风潮。尾形希望井上参与进来,但是却被对方拒绝,于是井上变成为了伊达迈向王座的绊脚石……
本片为同名电视剧的电影版(另一部为“革命篇”),并荣获2011年第34届日本电影学院奖话题奖。。