在日本的首都东京的地底深处存在一个为人所不知的地下世界-“东京地下城”。在地面上读中学的留美奈偶然遇到了从地下城逃出来的女巫Ruri和她的保护人Chelsea,决定用自己的力量保护他们。但是地下城的秘密组织“Company”,为了抓回Ruri完成他们邪恶的计划,派出他们的大将Supei来到地面上。 不久,同一屋檐下的生活使到留美奈发觉自己对露丽产生了特别的感情。没有任何特殊力量的留美奈为保护心爱的人而死于赤的手下,不过在露丽的力量下复活的他意外地得到了风之力······ 虽然赤放过了他们,但组织并没有放弃追捕他们。相处的时间虽然短暂,露丽被白龙捉回了地下城,但这也使得留美奈下决心战斗到底······ 潜入地下城的留美奈、银之助和切尔西遭到了预料之内的重重埋伏。他们选择了战斗,但却无意地将无辜的地底人民牵涉进来。 又一次亲眼目睹露丽被带走的留美奈,只能在对岸失望地看着露丽身影的消失。随着战斗的激烈,留美奈再一次见到了露丽,然而这次,意味着最终战的来临。。《VIRUS病毒》是在描写一种被称为「培养器」(Incubator)的实体,可创造出一种有能力可以同时传染人类和机器的病毒。为了保护市民不受病毒以及它的异形侵犯,在法律保护策略下诞生了一个特别的战术机构『STAND』。而这组织由穿著多功能战甲受高度训练的成员所组成,他们穿著具有人工智能、强大战斗力的『个人装甲』(VG),即使在高病毒侵袭的危险群中承受也不会被感染。然而这新的病毒不仅开始迅速扩散,并在席格多新装甲发表会中,VIRUS兽化席格多疯狂攻击人群,让『STAND』几乎难以招架!在此时,突然出现一个年轻人-沙吉,他竟然可以控制VG,还制伏兽化的席格多!而这一切邪恶的起源,全因为VIRUS而起……。