2043年7月1日,犯罪大王将军被捕,一星期后由铁面无私的法官余铁雄主审。将军特派其黑社会爪牙健返回50年前寻找铁雄,并将其洗脑使他无法进行审判。政府知情后特派飞龙特警铁面、扫帚头及发达星返回1993年去保护铁雄。
时大雄为93年一中学长期留班生,常遭同学余忌安作弄毒打,只有女友采妮对他真心。飞龙三特警混进学校,扫帚头当上老师,铁面做大雄同学,星则任大雄跟班,帮大雄打赢忌安,并向他套取铁雄下落,但大雄却表示校内并无铁雄此人。在这时健亦扮成老师混入学校,另一边大雄母亲要改嫁理查德余……最终飞龙特警能完成任务吗?。同治末年十月初九,浙江余杭县平民葛品连于家中暴毙。因儿子口鼻流血的死状引起了葛母沈喻氏的怀疑,她认为儿子之死肯定和媳妇有关。儿媳毕秀姑是余杭镇第一美人,长得俊秀水灵,人唤“小白菜”。小白菜嫁给五短三粗的豆腐坊帮工葛品连,成了众人议论的“潘金莲和武大郎”,沈喻氏心中一直为此不安。正好葛品连出事前几天,夫妻俩曾大吵一架,小白菜还扬言出家。沈喻氏越想疑心越重,决定报官验尸,查清真相。仵作不负责任地一番操作后得出结论,葛品连系中毒身亡。小白菜立刻作为第一嫌疑人被押至大堂。。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。