时间来到1980年,克里斯托弗与妹妹凯茜在遥远的小城与儿子乔里和巴特过着平静的新生活,但是这平静却即将被打破。因为身材矮小常被欺凌的巴特性格孤僻,偶然间他和哥哥闯入了隔壁的房子,认识了新搬来的陌生黑衣蒙面女人。而种种迹象却表明,这个人与他的家庭和他的出身有着千丝万缕的联系,在巴特不断的追问之下,掩盖已久的谜团在一点点被这个女人揭开……。《名侦探柯南 Episode "ONE"变小的名侦探》对《名侦探柯南》动画第1集“云霄飞车杀人事件”进行了详细的描述。
工藤新一是全国非常著名的高中生侦探,他与他的青梅竹马毛利兰一起在游乐园游玩的时候遭遇了案件,在解决该案件的过程中,工藤新一发现了两名行动诡异的黑衣男子,便决定跟踪他们一看究竟。但是不幸被黑衣男子发现,黑衣男子将他击晕后,给他灌下了一种名叫“APTX4869”的神秘毒药,在毒药的副作用下,工藤新一变回了小孩!
新一找到了经常帮助他的天才发明家阿笠博士,博士为他打造了不少便捷的道具。而为了防止黑衣男子对他进行报复,新一化名为“江户川柯南”,寄住在了毛利兰家中。。