来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。。在保加利亚一个偏远的小城里,伽娜负责照看痴呆老人们,并在黑市倒卖他们的身份证。她母亲没有工作,两人也不怎么说话。她跟男朋友的关系,说好听了也就那么回事;激情退去之后,两人关系的保持主要靠对吗啡的同样沉迷。这些对伽娜来说好像不会有什么后果,就算她不小心杀死了一个病人——这个病人威胁说要举报她倒卖的事。然而,当伽娜听见一个叫尤安的新病人唱歌时,事情开始起了变化,对老人日渐增长的同情唤起了她的良知。不过,当尤安因诈骗被逮捕时,她明白了“做正确的事”要付出高昂的代价。。