主人公の少年ユウキ・コスモら地球人が移民したソロ星で、第六文明人の遺跡が発掘された。遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き出した名を取り、発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる。 そのイデオンは、異星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として語り継がれていたものだった。イデ捜索隊隊長のギジェ・ザラルに無断で、カララ・アジバが調査のためにソロ星(ロゴ・ダウ)へ向かう。 コスモ、ジョーダン・ベス、イムホフ・カーシャがイデオンを操縦するが、二つの人類は双方とも相手を異星人と呼び、恐れ、自分の星を守るために異星人を殲滅しようとして戦火を拡大させた。 コスモ達はソロ星を捨て、イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。。表面上看来,麦克斯(杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 饰)是一名十八岁的普通快递员,但实际上,经过基因改造而成为了超级武器的她曾是美国秘密组织基因改造兵团中的一员。麦克斯因为超常的战斗能力而被军方禁锢,之后,无法忍受如同囚徒一般的生活的她以身试险逃出了基地,回归到了自由的生活之中。
一次偶然中,记者罗根(迈克尔·韦瑟利 Michael Weatherly 饰)识破了麦克斯的真实身份,以此为要挟,罗根要求麦克斯利用自己的能力帮助他做一些“除暴安良”的秘密工作。与此同时,美国政府一直都没有放弃过对麦克斯的追踪和追捕。身处如此险境,腹背受敌的麦克斯会有这怎样的命运呢?。