1941年春,日本佐贺县的唐津市。与姑姑江马圭子(常盘贵子饰)一家生活在一起的17岁青年榊山俊彦(洼冢俊介饰)迎来了新的学期。无忧无虑的青葱岁月,他每天都和好友们过着快乐的日子。这其中,拥有如希腊神话中男神一般健美身材的美少年鹈饲(满岛真之介饰)、有如虚无僧似的吉良(长冢圭史饰)和搞笑吵闹的阿苏(柄本时生饰)是他最好的朋友。俊彦有一个堂妹,那是圭子姑妈的女儿美那(矢作穂香饰)。美那患有肺病,弱不禁风,苍白的一张脸愈加楚楚动人,恰恰令处在青春期的俊彦为之倾倒。与此同时,他的身边还环绕着亚音(山崎紘菜饰)、千岁(门胁麦饰)等美丽女孩。少男少女们嬉笑打闹,在青春的边界线上肆意奔跑。然而当战争的钟声响起,他们那纯如白纸的青春便破碎成片,飘散空中。二十世纪最后的夏天。那一天,人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。
巨型生物「怪兽」,以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争,人类屡战屡败,最终计划逃出地球。2048年,经过中央政府管理的人工智能筛选,一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而,人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期,不适宜人类生存。
移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候,他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭,飞船内的生存环境也越发恶劣,以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流,他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。
然而,地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系,完全成为了一个未知世界。
最终人类能否夺回地球?晴雄的命运又将如何?。