某朝某代,盛世繁华,国泰民安,世人皆赞小皇帝英明睿智。但事实上,小皇帝尚未亲政,大权把握在太后和宰辅手中。对朝政不感兴趣的小皇帝一心想出宫游历,并对经营勾栏瓦舍、延揽江湖艺人、开办戏院十分痴迷。一日,小皇帝发现一条宫中密道,悄摸溜出,谁料密道尽头竟是一家关张多年的瓦舍。小皇帝偶遇盘下瓦舍的女伶白小青,从此便隐瞒身份在此瓦舍中与一群各具特色的奇葩艺人展开了一段啼笑皆非的茶楼经营趣事……。应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队,在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次,KERORO军曹的面前出现了最新!最恶!最强的敌人!!
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……。农村小伙小干带着对已故母亲的遗憾和期盼,只身来到北京寻找从未谋面的父亲。凭着高超的手艺,很快就在潘家园站稳了脚跟并认识了阿伟、天褔、天成、艾倩、艾小花、菜鸟、赵思思、李古商、孙鉴真等同样喜欢和从事这一行业的人。机缘巧合下认识了自己的亲舅舅,并得知了他父母当年的一些爱恨情仇。在一次电影拍摄中结识了演员艾倩,两人一见钟情。由于李天福从中作梗婚事遭到了艾母的反对。为了讨好艾母,小干开了一家手工艺品店。在赵思思、阿伟、导演王文捷和演员谢远的包装下,他被打造成了明星手工艺人。通过舅舅和艾小花的努力,艾母同意了他和艾倩的婚事。小干利用父亲留下来的一块残缺玉佩,找到了父亲的线索,但父亲已逝。然而却得知了一个让大家吃惊的消息,原来一直跟他做对的李天福还有李天成是他同父异母的亲弟弟,后来兄弟三人相认,并且各自拿出自己的那块残玉,合而为一。