谁也不曾想过,七十年前那期神秘的罗斯威尔事件,时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌,即使它就在那里。某天,过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们,希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
而这一路上,层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来,将相继呈现在他们的眼前……。娜塔莉和路易莎和石油巨头谈判无果,阻止临时措施道阻且长,一场秘密行动已经在阿鲁阿南内部有序开展;外部局势紧张,娜塔莉和路易莎却因为组织的新架构再次陷入争执;阿鲁阿南突然闯入球赛,这次他们又会揭露什么黑暗?这群闯入者又能顺利离开吗? 娜塔莉的节目迎来新嘉宾——恩佐市长,阿拉波市污染治理成效显著,娜塔莉顺势踏上了去该市实地探访的旅程,却不料遇到奇怪男子自焚示威。“这里没人想知道真相”又会是什么秘密在等待她们揭晓?。