在未知生命体全部被消灭后的两年,人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹,打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件,这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量,就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。
失去记忆的开朗少年津上翔一,暂住在美杉教授家中,与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的,其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时,他便会受到感应前去消灭它们。
愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年,它们之间有着什么样的联系呢?一切的真相又是什么?。解放前夕,国民党当局为阻挠中国人民解放军解放大西南,派员率土匪头目瞿天华之女瞿湘玉亲临湘西地区,重金收买当地土匪集团,建立“反共复兴基地”。解放军某部营长吴波奉命率部进驻凤山县,开展“清枪挤匪运动”。不料,带头交枪的贫农何长山被枪杀,师部宣传队员遭匪帮袭击遇难,吴波外出途中也遭土匪伏击。。