刚毕业的医学院学生保本,在父亲的介绍下,来到穷乡僻壤的小石川诊所实习。他的老师是一位被称作红胡子的古怪医师。起初,向往长崎的保本对这个贫民窟厌恶之极,并迁怒于红胡子,觉得自己受骗上当,无用武之地。
红胡子是这里远近闻名的杏林高手,他没有对保本提什么要求,而是默默地行医,不畏权贵,不计酬劳,手下治愈的病人不计其数,其中包括因受虐精神失常的少妇,因酗酒导致半身麻木的醉汉,因被贩卖至青楼身患性病的雏妓等等。在协助红胡子救死扶伤的过程中,保本逐渐发现了医德的重要,并修正了自己的人生态度……。故事发生在东京八丈岛近海,一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网,来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……
与此同时,柯南一行人前往八丈岛观鲸,途中柯南接到冲矢昴(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时,一桩案件突然发生!一名女工程师被黑暗组织绑架,她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中!
此时,水下传来未知潜水艇逼近的声音,令人毛骨悚然,一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……。