史塔克公司最新研制的天幕卫星“霍华德”即将升空,它超强的监视功能饱受争议。而钢铁侠则饶有兴致地与战争机器穿着各自的铠甲进行连番惊险刺激的较量。就在此时,号称“突击兵”的武装机器人入侵发射场,与钢铁侠和战争机器展开激烈的混战。而指挥部方面,一名自称以西结的神秘白色铠甲人释放出神秘生物细胞,杀害了所有眼前的生物。钢铁侠在与他的对决中遭遇惨败,指挥塔也彻底毁灭。在此之后,他拒绝向神盾局汇报细节,独自一人找到正在休假的佩珀,一同调查以西结的身份及其真实目的。
一方面,神盾局对钢铁侠紧追不放;另一方面,来自暗处的敌人也接二连三向他袭来……。故事讲述无聊的神明们制作了一个终极益智游戏《诸神的游戏》,从冰里长眠3000年,热爱游戏的前神明少女レオレーシェ苏醒后做出宣言,「带上这个时代最会玩的人!」,而被指名的フェイ是备受期待成为「近年最强的新人」的使徒,两人共同挑战难度极大且还没有人类能完全攻略的《诸神的游戏》。 天才游戏少年、前神明少女与伙伴们就此展开和至高神明的终极脑力大战!。