在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后,人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日,入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶,他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉(婆裟羅天明 饰)、达拉姆(松田優 饰)及女领袖卡美拉(芳本美代子 饰)。入间极力反对对古迹的触动,但丝毫无法改变上层的决定,最终导致三尊邪神复活,人类再度面临危机。与此同时,圆·大古(长野博 饰)与柳濑·蕾娜(吉本多香美 饰)相知相守,即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻,早已丧失奥特曼力量的大古,面对当前的危机束手无策。
三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆,折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……。范勤(潘玲玲 饰)曾经有过被前男友无情抛弃的悲惨经历,感情生活因此阴云密布,心中阴影还未散,她又遇见了第二任男友,谁知道此人竟是有妇之夫,范勤在不知不觉间做了一回“第三者”,可她却无法离开他。就当两人准备步入婚姻殿堂时,第二任男友的妻子不幸患上了癌症,这段感情的结局可想而知,范勤再度成为孤家寡人。
一次偶然中,心灰意冷的范勤遇见了名为耿直(陈传之 饰)的英俊男子,直到这时,范勤才发现,原来耿直才是自己一直在等待的“真爱”。经历了一番波折,范勤和耿直终于走到了一起,携手踏上红毯,结为夫妻,然而,这只是故事的开始。。一位善良的拾荒老人马老汉,在路上偶遇昏迷在路边的遇难男孩,便将他带回家中收养。男孩是马老汉收养的第三十六名孤儿,即取名马三十六。一天大雨,马三十六因一个意外,不慎被雷电击中,昏迷中,马三十六找回了他消失的记忆,原来自己是快乐星球被研发出来的唯一的类机器人。Q博士摧毁了快乐星球,自己是唯一逃脱的幸存者,Q博士一直在寻找他,想要把他彻底除掉。同时,Q博士又试图主宰地球。马三十六为了拯救快乐星球,保护地球人,与Q博士开始了一段勇气与智慧并存的战斗......。