在东京某个位于西国立市的神社内,有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现,他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时,在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现,被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地,专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名,首脑化名“义经”,部下则以“弁庆”为首,各自以家将姓名相称。另一方面,小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前,位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃,寺院的住持为了解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像,因而请来了小五郎帮忙,小五郎一行人展开了调查。。本片由三个独立的故事组成:《超级至尊》讲述了初三学生沙文从不善言辞被大家忽视,到勇于讲出自己的真实想法受到同学们的拥护的故事;《我是乔丹》讲述了有打篮球天赋的高一学生乔峰如何从打篮球上学到了怎样做一个合格的运动员、一个合格的学生;《水煮牛肉》讲述初三学生史俊和他的家教,互相帮助,大家都克服了各自性格上的弱点的故事。 为了交上学校的罚款,沙文不得不向父母撒谎,向修车的大叔借钱,最后又硬着头皮参加了学校组织的演讲比赛,只为赢得那百元奖金…… 乔峰的偶像是乔丹,他的梦想是成为一名伟大的球员。为了篮球,他不惜付出一切,包括母亲的叹息和倒数第一的成绩单。让乔峰大为意外的是,学校的篮球队竟然将他这样的高手拒之门外…… 史俊有着优越的家庭环境,父母都是外交官,可在学校里他一个朋友都没有。为了满足父母永无休止的期望,史俊严格地控制着自己的考试成绩。因而他又有了新的家...。