1945年,国民党统治下,留美冶金工程师常为梁的工业救国理想破灭了。解放后,他回到原先服务的中国钢铁厂,担任工程师的职务,满心希望把自己的技术献给国家,使中国工业化更上一层楼。他把辛辛苦苦写成的工厂改革计划拿给总经理,总经理不但不采纳,反而要利用他当做反共工具,要他在反共宣言上签名,常工程师当场拒绝。他看到技术人员不被尊重,看不到工人阶级的力量,他很不愉快。军代表帮助他提高了觉悟,1949年10月1日,新中国成立了,常工程师和工人们成为了新中国的主人。。某天,毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信,信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作,依据毛利小五郎的推理,基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天,毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧,在剧场里错综复杂的人群中,基德到底会假扮成谁出现在大家面前,在紧张的埋伏等候中,出现在大家面前的竟然是工藤新一,柯南一方面必须保护宝石,另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一,因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一,一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前,柯南发现假的工藤新一不见了,随即追上,但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过,“命运的宝石”终究是保护住了,牧树里为了表示感谢,邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假,同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时,一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中,又要解开发生在飞机上的密室杀人事件,到底柯南要怎么行动呢?。